גדודי עז א-דין אל קסאם הם הזרוע הצבאית של חמאס, ועל פי הערכות שונות במסגרת הארגון פועלים כ- 40,000 פעילים, בראשם עומד מוחמד דף. הארגון מתבסס על שש חטיבות מבצעיות, בהתאם למיקום הגיאוגרפי שלהן , ושתי חטיבות לוגיסטיות, בצפון ובדרום רצועת עזה, האחראיות על לוגיסטיקה והכשרה. מטה הארגון שוכן מתחת לבית החולים שיפא.
